Desa Batuan Kaler merupakan desa pemekaran dari Desa induknya adalah Desa Batuan yang diresmikan sebagai Desa Persiapan Tanggal 28 Oktober 1998 dan yang menjabat Sebagai Kepala Desa Saat itu adalah Bapak I Nyoman Lasia ,dalam perjalanan sejarahnya Desa Persiapan  Batuan Kaler dapat di rubah statusnya menjadi Desa Difinitif dalam kurun waktu 3 Tahun  tepatnya pada tanggal 06 Agustus 2001 yang di sahkan oleh Bapak Bupati Gianyar saat itu,Bapak Tjokorde Gde Budi Suryawan ,SH

Pada Tahun 2002 Desa Batuan Kaler melaksanakan Pemilihan Perbekel  masa bakti 2002 -2007  untuk yang kedua kalinya yang diikuti oleh tiga orang calon perbekel dan yang keluar sebagai pemenang adalah Bapak I Ketut Gandra ,Ama,Pd dan di lantik sebagai Perbekel Desa Batuan Kaler yang kedua, setelah masa purna bakti Desa Batuan Kaler kembali melaksanakan pemilihan Perbekel untuk yang ketiga dan di ikuti oleh tiga calon dan sebagai pemenang adalah Bapak I Wayan Suarma,SE  dan dilantik sebagai perbekel masa bakti 2007-2013, pada masa pemerintahan beliau banyak kemajuan  yang terjadi di Desa Batuan Kaler terutama di bidang pembangunan masyarkat dan inprastruktur di Desa  dan pada tahun 2013 beliau kembali diangkat secara aklamasi sebagi perbekel Batuan Kaler, pada pemilihan perbekel pada tahun 2020 yang diikuti oleh 3 Calon Perbekel, masyarakat Desa Batuan Kaler kembali memberikan kepercayaan dan tanggungjawab Pemerintah Desa Batuan Kaler kepada Bapak I Wayan Suarma, SE sampai sekarang .